O INCISOH/ISEJ/CEIVA possui a seguinte estrutura organizacional:

1. Administração
   1.1. Congregação
   1.2. Diretoria
   1.3. Coordenadoria Administrativa; Coordenação Acadêmica; Coordenação de Cursos; Coordenação de Pós-Graduação.
2. Órgãos de Apoio Administrativo
   2.1. Secretaria
   2.2. Contadoria e Atendimento
   2.3. Biblioteca
   2.4. Núcleo de Pesquisa e Extensão
   2.5. C.P.A
   2.6. Núcleo de Estágio
   2.7. Colegiado

O Instituto de Ciências Sociais e Humanas – INCISOH e o Instituto de Educação Superior de Januária – ISEJ - se relacionam com a Mantenedora através de sua Diretoria e o Presidente da Mantenedora.

Perante as autoridades públicas e o público em geral o Centro de Educação Integrada do Vale do São Francisco – CEIVA - é responsável pelo INCISOH e pelo ISEJ, incumbindo-lhe tomar as medidas necessárias ao seu bom funcionamento, respeitados os limites da Lei e deste Regimento, a liberdade acadêmica do corpo docente e discente e a autoridade própria de seus órgãos deliberativos e executivos, entretanto a administração orçamentária e financeira fica por conta da mantenedora, não sendo possível à mantida ter acesso às informações sobre quaisquer assuntos tais como receitas e despesas.

O colegiado está integrado tanto à congregação quanto à coordenação acadêmica. Todos os cursos possuem colegiado próprio, seguindo as normas da congregação e coordenação de cursos e a Resolução 10/2006 da Direção Geral, tendo como parte integrante o número de professores por período, eleito por seus pares, dois (02) representantes discentes, eleitos pelo Diretório Acadêmico e o Coordenador de Curso.